La variante Omicron née chez un patient atteint du SIDA : une étude le suggère


Chez un patient atteint du Covid et du SIDA, le coronavirus SARS-CoV-2 a accumulé de multiples mutations sur six mois, certaines observées dans la variante Omicron.

SRAS – CoV – 2 particules virales de coronavirus sur cellules humaines.  Crédit : NIAID

SRAS – CoV – 2 particules virales de coronavirus sur cellules humaines. Crédit : NIAID

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Quand fin novembre 2021 les scientifiques du National Institute for Communicable Diseases (NCID) du Afrique du Sud ont annoncé avoir isolé la variante Omicron (B.1.1.529) « super muté » du coronavirus SRAS-CoV-2, de nombreux experts n’ont été surpris ni par son émergence ni par son origine géographique. Les raisons principales sont au nombre de deux : d’une part la très faible couverture vaccinale du pays (à l’époque autour de 7 pour cent, maintenant bondi à 27,4 pour cent), d’autre part la diffusion extrême de syndrome immunodéficitaire acquis (le sida). Comme son nom l’indique, la maladie causée par le virus dell’VIH renverse le défense immunitaire, par conséquent, les patients atteints du SIDA qui sont infectés par l’agent pathogène pandémique peuvent développer des formes chroniques de COVID-19[feminine, le virus n’étant pas éliminé de l’organisme pendant des mois. C’est dans ce contexte qu’un nombre inhabituel – et anormal – de mutation, tout comme ceux observés dans la variante Omicron, qui se manifeste plus de 30 sur la protéine S ou Spike. En termes simples, il a été émis l’hypothèse que la nouvelle variante provenait d’un patient Covid séropositif, chez qui l’infection a « éclos » depuis longtemps jusqu’à ce qu’elle revienne dans la communauté. Maintenant, une nouvelle étude semble confirmer ce qui n’était qu’une des théories plausibles (certains pensent que la variante Omicron pourrait avoir émergé chez la souris).

Les auteurs de la recherche, une équipe d’experts de l’Africa Health Research Institute, de l’Université du KwaZulu-Natal et d’autres instituts, se sont concentrés sur une souche particulière de SARS-CoV-2, qui a évolué en six mois à partir d’une forme très similaire à le virus ancestral – le « sauvage » de Wuhan – chez un patient sud-africain atteint d’un SIDA avancé. Cette personne a été infectée par l’agent pathogène pandémique avant l’émergence des variantes Bêta (le premier sud-africain) e Delta (le deuxième Indien), tous deux catalogués comme variantes préoccupantes (COV) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS). En analysant l’évolution du virus chez le patient, les chercheurs ont découvert qu’au cours des six mois où il s’est développé mutations multiples observé à la fois dans la variante Omicron et dans d’autres lignées problématiques. Soumis à des tests de laboratoire avec auto-plasma et col plasma obtenu par patients convalescents infectés par d’autres souches (originale, Beta et Delta), les chercheurs ont également observé une faible neutralisation avec le propre plasma du patient et « une importante fuite de neutralisation causée par une infection Delta ». Cette capacité d’évasion immunitaire était moindre avec la variante bêta.

Les scientifiques dirigés par les professeurs Tulio de Oliveira et Alex Sigal ont également déterminé que ce virus a évolué à un point tel qu’il montre une « évasion substantielle mais incomplète » vers le Commirnaty, la Vaccin contre le covid à l’ARN messager (ARNm) développé en collaboration entre le géant pharmaceutique américain Pfizer et la société allemande de biotechnologie BioNTech. Toutes ces données sont cohérentes avec l’idée que le coronavirus « SARS-CoV-2 évolue chez des hôtes immunodéprimés individuels, y compris ceux atteints d’une maladie VIH avancée », écrivent les auteurs dans l’étude abstraite. Dans ce scénario, l’agent pathogène peut évoluer vers des variantes « super mutées » avec une capacité significative à évasion immunitaire. C’est exactement ce que l’on observe avec la variante Omicron, capable de « percer » les défenses immunitaires déclenchées par une précédente infection naturelle et de vaccination, bien que ce dernier, surtout s’il est amélioré avec le troisième dose (booster le rappeler), est toujours capable de protéger de manière significative contre la forme sévère de COVID-19. Les détails de la recherche « L’infection prolongée par le SRAS-CoV-2 au cours de la maladie à VIH avancée évolue de manière étendue dans le système immunitaire » ont été publiés dans la revue scientifique faisant autorité Cell Host & Microbe.